Կոմիտասը (Սողոմոն Սողոմոնյան) ծնվել է 1869 թ. սեպտեմբերի 26-ին (հոկտեմբերի 8-ին) Քյոթահիա կամ Կուտինա (Օսմանյան կայսրություն) քաղաքում։ Նրա նախնիները պատմական Հայաստանի Գողթն գավառից Քյոթահիա էին գաղթել 17-րդ դարի վերջին։ Հայրը՝ Գևորգ Սողոմոնյանը, և մայրը՝ Թագուհի Հովհաննիսյանը, բնատուր գեղեցիկ ձայն են ունեցել և երգեր են հորինել, որոնք սիրվել և արմատավորվել են Քյոթահիայի երաժշտական կենցաղում։ 1870 թ. վախճանվում է Կոմիտասի մայրը, 1880 թ.՝ հայրը։ Որբացած երեխայի խնամքն իր վրա է վերցնում հայրական տատը, իսկ նրա մահից հետո՝ հորաքույրը։ 1876-1880 թթ. Կոմիտասը սովորում է Քյոթահիայի քառամյա դպրոցում, այնուհետև՝ Բրուսայի վարժարանում։
1881 թ. Քյոթահիայի առաջնորդական փոխանորդ Գևորգ վրդ. Դերձակյանն ուղևորվում է Էջմիածին՝ եպիսկոպոս ձեռնադրվելու։ Գևորգ Դ Ամենայն հայոց կաթողիկոսի կոնդակի համաձայն` նա պետք է իր հետ մի ձայնեղ որբ պատանի տաներ Ս. Էջմիածին՝ Գևորգյան ճեմարանում սովորելու համար։ Շուրջ քսան որբերից ընտրվում է Սողոմոնը։
Գևորգյան ճեմարանում ուսանելու տարիներին (1881-1893) բացահայտվում են Սողոմոնի՝ դեռևս մանկուց դրսևորված երաժշտական բացառիկ ունակությունները։ Սահակ վրդ. Ամատունու ղեկավարությամբ նա սովորում է հայ հոգևոր երաժշտության տեսական ու գործնական հիմունքներ։ Այս շրջանում նա սկսում է հավաքել և ուսումնասիրել հայ ժողովրդական երգեր, ինչպես նաև կատարել ստեղծագործական փորձեր։
1894 թ. ձեռնադրվում է աբեղա և ստանում Կոմիտաս անունն` ի պատիվ 7-րդ դարի հայ շարականագիր, հայոց կաթողիկոս Կոմիտաս Ա Աղցեցու։ 1895 թ. Կոմիտասին շնորհվում է վարդապետի հոգևոր աստիճան։
1896 թ. խոշոր նավթարդյունաբերող և բարեգործ Ալեքսանդր Մանթաշյանցի շնորհած թոշակով մեկնում է Բեռլին կրթությունը շարունակելու: 1899 թ.-ին ավարտում է Ֆրիդրիխ Վիլհելմ համալսարանի (ներկայում` Հումբոլդտ համալսարան) փիլիսոփայության բաժինը և Ռիխարդ Շմիդտի մասնավոր կոնսերվատորիան: